A szervezetet 2010-ben alakította tíz, a gyógyszer-kiskereskedelem területén működő vállalkozás Hálózati Gyógyszertárak Szövetsége néven. A HGYSZ kiemelt célja a hálózatos gyógyszertárak és az ott dolgozó szakemberek érdekeinek képviselete és érvényesítése, valamint a közvetlen lakossági gyógyszerellátás erősítése. A Szövetség meghívott félként részt vett a kormány által kezdeményezett Gyógyszerészeti Egyeztető Tanács egyeztetéseken 2010 végén, melynek fő témája a gyógyszergazdaságossági törvény módosítása és a patikaliberalizáció lezárása voltak.
A Szövetség 2014-ben átalakult, a HGYSZ-hez a hálózatok mellett olyan magánszemélyek is csatlakozhattak, akik gyógyszertártulajdonosként legalább három gyógyszertárak működtetnek. Ezt követően 2015-ben a szervezet neve Hálózatban Működő Gyógyszertárak Szövetségére változott. Jelenleg a szervezetet tizenkettő tag alkotja. A HGYSZ tagvállalatai jelenleg több mint 400 gyógyszertárat üzemeltetnek országszerte.
A HGYSZ a megalakulása óta készséggel vesz részt a gyógyszerellátást érintő jogszabályok véleményezésében, valamint számos alkalommal nyújtott be önálló szakmai és szakmapolitikai javaslatot az egészségügyi kormányzat számára.
A HGYSZ alapító tagja a 2018-ban megalakult Hálózati Gyógyszertárak Európai Szövetségének (European Federation of Pharmacy Chains, EFPC).
A HGYSZ alapító tagja volt a 2011 és 2014 között működő Gyógyszerügyi Egyeztető Fórumnak, valamint jelentős szerepet játszott a Fórum újraalakításában 2022 júliusában. Bővebben a GYEF-ről itt olvashat.
A HGYSZ aktív tagja a MÁÉSZ programnak (Magyarország átfogó egészségvédelmi szűrőprogramja 2020-2025).
